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母体内に摂取されたアルコールは肝臓でアセトアルデヒドに酸化され、さらに酢酸に分解され無毒化されます。
胎児はこのアルコール代謝能力をほとんどもっていません。
ですので、アルコールとその代謝物であるアセトアルデヒドは胎盤を自由に通過します。
そうすると、母体血と胎児血は同じ濃度になってしまいます。

実際、妊娠中の慢性的な大量の飲酒で胎児アルコール症候群という病気が起こることが知られています。
これは、頭が小さくなったり、胎児の発育が悪くなったり、知的障害などが起こるものです。
欧米では精神遅滞の10-20%が胎児性アルコール症候群・効果によるものと推測されています。

妊娠に気付かづに、お酒を飲んでいたとしても、連日大量に飲酒しない限り、胎児に影響を与える確率は低く、特に心配はいらないと思います。
しかし、アルコールが胎児に何らかの影響を与えることは知られていますので、妊娠中はできるだけお酒を控えた方がよいでしょう。