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卵子と精子は卵管膨大部という卵管のなかで出会って受精し、受精卵は卵管の働きにより子宮内に運ばれ子宮内膜に着床します。
なんらかの原因により、卵管の炎症や癒着などその働きが妨げられると、受精卵が子宮内に運ばれる途中で卵管内膜に着床し子宮外妊娠になります。

この炎症や癒着はお腹の手術や虫垂炎などでもおこりますが、最近はクラミジアを中心とした性感染症が原因と考えられる場合が増加しています。

子宮外妊娠の原因が不明ということも少なくはありません。